O Projecto Educativo do Planalto manifesta-se em três grandes áreas:

- A educação personalizada, em que o Preceptor é a figura chave. Cada aluno do Planalto tem um preceptor, isto é, um professor que, através das entrevistas, dos passeios, das visitas de estudo ou do convívio quotidiano, estabelece metas (académicas e de formação pessoal) para o aluno, de acordo com as idades, num diálogo regular com a família e os restantes professores.

- A educação diferenciada por sexo. Atendendo às diferenças nos ritmos de desenvolvimento de rapazes e raparigas, o Planalto, após o Pré-Escolar, destina-se aos rapazes. O Mira Rio é o colégio das raparigas. A separação entre rapazes e raparigas permite abordagens educativas específicas que fomentam um melhor desempenho académico, um desenvolvimento harmonioso da personalidade e, paradoxalmente, melhoram o processo de socialização.

- A educação integral, articulada em torno do Programa de Formação de Alunos. O Programa de Formação de Alunos organiza-se em torno de virtudes nucleares que cada membro do Colégio procura exercitar e fomentar durante um período concreto. Todos os professores procuram incluir essas virtudes na sua acção educativa (na aula, mas também na relação pessoal com cada aluno) de modo a fomentar um ambiente de desejo de melhoria.